生信分析平台搭建（六）：系统配置
编者按
前面介绍了那么多各种设置，很多人可能已经不耐烦了。良好的开端是成功的一半。好比做一道好菜，其实绝大部分的时间都用在前期食材准备上。准备好了，后面的自然顺理成章，水到渠成。
接前面：
一、准备工作：手把手教你生信分析平台搭建（一）
二、安装Linux系统：生信分析平台搭建（二）：安装Linux系统
三、系统设置：生信分析平台搭建（三）：系统设置
四、共享文件夹：生信分析平台搭建（四）：共享文件夹
五、个性化设置：生信分析平台搭建（五）：个性化设置
十：系统配置
因为我们安装的是桌面版本，因此，很多东西都没有安装，比如openssh，java，而服务器版本会默认安装很多服务器功能。不过服务器默认没有图形化界面，因为都是新手，还是先从图形化界面开始。而且自己安装一遍也没什么不好。
1、openssh，服务器版本默认是安装并且开启服务的，openssh非常重要，安装之后你才可以在putty，xshell等工具远程登录服务器。
apt install openssh-server #加-y 自动安装
/etc/init.d/ssh start #启动服务
2、敲ifconfig查看ip地址，因为是内网，ip为127.0.0.1，可以使用这个ip，在windows主机中进行ssh登录。
3、安装java
java是很多生物软件必备的环境，例如GATK，SNPeff等，还包括很多图形化软件等，桌面版默认没有安装java。java的安装在Ubuntu上稍微麻烦一下，不如yum工具一条命令完成。
add-apt-repository ppa:webupd8team/java #添加java的源
apt update #更新源信息
apt install oracle-java8-installer #安装java
4、其他配置
许多软件需要gcc，zlib，glibc，boost这些都可以通过apt进行安装。如果不知道软件具体的名字，可以利用apt search进行搜索，支持正则表达式。需要什么，利用apt安装即可。
apt search ^zlib #搜索包含zlib开头所有软件
apt install -y zlib* glibc * boost* #安装配置
5、安装perl和python模块，生物软件很多都使用了perl模块，python模块等，Linux系统默认安装了perl和python，不过需要安装pip，cpan等，更加方便安装perl和python模块。
apt install -y python-pip #安装pip
apt install -y cpanminus #安装cpan
6、安装R，r是现在非常流行的统计软件，在生物信息分析中，有着非常重要的作用。现在apt和yum都可以直接安装r。如果想在linux下自己编译R软件，实在是非常不方便。R在apt源中名字是r-base。这个R是3.2的版本，其实也够用。如果想安装更高版本需要自己编译，或者使用下次我们介绍的bioconda。
apt install -y r-base #安装R软件
7、apt 源中也有一些我们熟知的生物软件，例如bwa，blast，blat等，不过有更好的生物软件管理方式。
apt install -y r-bwa #安装bwa
8、如果不喜欢敲命令，ubuntu中还有一个好用的图形化软件管理工具，中文名叫做新立得Synaptic，以前是内置的，现在需要自己安装。 安装之后启动软件，需要输入root密码，接下来就可以在里面对系统的软件进行管理，还是非常非常好用的。
apt install -y synaptic #安装新立得
Tips1：系统配置需要使用root账户，因为普通用户无法写入系统/usr /etc等目录。
Tips2：如果没有管理员权限，绝大部分工具也可以安装，不过很麻烦；
Tips3：如果apt无法安装成功的，也可以尝试使用下载deb包安装，或者使用源代码编译。
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